EC2のインスタンスの停止は、ec2-stop-instancesコマンドを実行することで可能ですが、SDK for PHPからも可能です。
(東京リージョンのインスタンスとします。)
スクリプトは下記のようになります。
vi stop_instances.php
require_once("/opt/sdk-1.4.2.1/sdk.class.php");
define("AWS_KEY" , "AAAAAAAAAAAAAA");
define("AWS_SECRET_KEY", "SSSSSSSSSSSSSSS");
$ec2 = new AmazonEC2();
$ec2->set_region(AmazonEC2::REGION_APAC_NE1);
$response = $ec2->stop_instances('i-44a0c945',
array( "Force" => true));
// Success?
var_dump($response->isOK());
?>
インスタンスが正常に停止できない場合は、一度試してみてください。