下記記事を参考にほぼほぼやりたいことはできたのですが、ハマったのでメモ。

[jq] JSONデータの特定階層にあるキー名のユニーク値を取得 – Qiita
https://qiita.com/withelmo/items/b0e1ffba639dd3ae18c0

JSONファイル

行ごとにキーが同じだったり、違ったり、数も違うちょっと困ったJSONファイルがあるときに使えます。

hoge.json

{"hoge1": "hoge", "hoge2": 2, "hoge3": false}
{"hoge2": "hoge", "hoge3": 2, "hoge4": false, "hoge5": "FOO"}
{"hoge1": "hoge", "hoge2": 2, "hoge6": false}

いい感じのコマンド

> cat hoge.json | jq -s -r '[ .[] | keys ] | flatten | unique | .[]'

hoge1
hoge2
hoge3
hoge4
hoge5
hoge6

jq の-sオプションで配列にする

ファイル中に{...}{...}{...} と[]括りされず、,区切りもないため、jqの--slurp (-s)オプションで配列に放り込みます。

jq Manual (development version)
https://stedolan.github.io/jq/manual/

--slurp/-s:

Instead of running the filter for each JSON object in the input, read the entire input stream into a large array and run the filter just once.

(Google翻訳)入力内の各JSONオブジェクトに対してフィルターを実行する代わりに、入力ストリーム全体を大きな配列に読み取り、フィルターを1回だけ実行します。 

# -s オプションなし
> cat hoge.json | jq

{
  "hoge1": "hoge",
  "hoge2": 2,
  "hoge3": false
}
{
  "hoge2": "hoge",
  "hoge3": 2,
  "hoge4": false,
  "hoge5": "FOO"
}
{
  "hoge1": "hoge",
  "hoge2": 2,
  "hoge6": false
}


# -s オプションあり
> cat hoge.json | jq -s

[
  {
    "hoge1": "hoge",
    "hoge2": 2,
    "hoge3": false
  },
  {
    "hoge2": "hoge",
    "hoge3": 2,
    "hoge4": false,
    "hoge5": "FOO"
  },
  {
    "hoge1": "hoge",
    "hoge2": 2,
    "hoge6": false
  }
]

キー名だけ出力する

あとは上記記事と同じく[ .[] | keys ] | flatten | uniqueでキー名を取得、平坦化して重複を取り除きます。
ちなみに平坦化しないとこんな感じになります。uniqueが効きません。

> cat hoge.json  | jq -s -r '[ .[] | keys ] | unique'
[
  [
    "hoge1",
    "hoge2",
    "hoge3"
  ],
  [
    "hoge1",
    "hoge2",
    "hoge6"
  ],
  [
    "hoge2",
    "hoge3",
    "hoge4",
    "hoge5"
  ]
]

最後に.[]で出力し、jqコマンドの--raw-output(-r)オプションでダブルクォーテーションを取り除きます。

jq Manual (development version)
https://stedolan.github.io/jq/manual/

--raw-output / -r:

With this option, if the filter’s result is a string then it will be written directly to standard output rather than being formatted as a JSON string with quotes. This can be useful for making jq filters talk to non-JSON-based systems.

(Google翻訳)このオプションを使用すると、フィルターの結果が文字列の場合、引用符付きのJSON文字列としてフォーマットされるのではなく、標準出力に直接書き込まれます。 これは、jqフィルターが非JSONベースのシステムと通信するのに役立ちます。

最後を.[]としないと以下のようになり、-rオプションは働きません。

> cat hoge.json | jq -s -r '[ .[] | keys ] | flatten | unique'

[
  "hoge1",
  "hoge2",
  "hoge3",
  "hoge4",
  "hoge5",
  "hoge6"
]

jqコマンドは奥が深いなぁ。

おまけ

Google翻訳さんによるとslurpは丸lurみだそうですw
ヌードルハラスメント的ななにかが働いているのでしょうか？？？

参考

[jq] JSONデータの特定階層にあるキー名のユニーク値を取得 – Qiita
https://qiita.com/withelmo/items/b0e1ffba639dd3ae18c0

jq Manual (development version)
https://stedolan.github.io/jq/manual/

元記事はこちら

「jqコマンドでJSONからキー名をいい感じに取得する」