本当に簡単な事だったのですが、解決するのに時間がかかってしまいました。

Apache上で通常通りBasic認証の設定をしたのですが、
IDとパスワードを入力しても認証が通りませんでした。
しかし、httpsでアクセスすると認証が通りました。

80番は、Squidで受けてApacheに流している構成だったため、
passwdファイルを読みにいかないようでした。

そこで、Squidを外したところ無事認証が通りました。

Squidを通す場合は、Squidに認証機能があるので、
そちらを利用すればいいのかもしれません。

こちらの記事はなかの人(kenjionsoku)監修のもと掲載しています。
元記事は、こちら