アライドのスイッチ(xシリーズじゃない古い方)の場合、
(元々だけど)変なクセがあって、LAGの組み方が変則的です。
まぁ、IPSecの時も色々変だったけど、LAGも変でした。

概念的に、VLANは仮想インターフェースではなく、物理インターフェースに紐付きます。
色々制約がありますが、(一般的なことですが)全部の設定を自力で揃えてください。
また、スイッチチップの制御の問題か、再起動しないと反映しません。
(設定間違えてなければ、10秒くらいで還ってきますが。)

手順的に、こんな感じになります。

1. 既存のLAGからポートを外す。
DEL SWITCH TRUNK=SAKURA PORT=1,2
# ALLで暗黙的に指定しても構いません。

2. 物理インターフェースにVLANを振る
ADD VLAN=STAR PORT=1,2 FRAME=tagged

3. 再度LAGにポートを紐付ける。
ADD SWITCH TRUNK=SAKURA PORT=1,2

4. Configを保存する。
CREATE CONFIG=0.cfg

5. 再起動する。
注)必須です。
RESTART REBOOT

FS, GSシリーズの場合、クラスタリングできないのでこういう時不便ですね…。
以前作った構成では、クラスタリングしたxシリーズのLAGを束ねるのにGS908M使ってました…(もったいない)。
一度稼働したらアホみたいに壊れない機種だけに。。。><。

元記事はこちら

アライドテレシスGS900MでLAGを構成したい時の手順