ApacheにBASIC認証が掛かっている場合の取得方法です。
ユーザ・パスワードを設定するオプションは無いですが、URLに直接入れ込む形で設定できます。

apache2.conf

[plugin.metrics.apache2]
command = "/usr/local/bin/mackerel-plugin-apache2 -o :@"
type = "metric"

# ロングオプションの場合
command = '''
  /usr/local/bin/mackerel-plugin-apache2 
     --http_host :@
'''
type = "metric"

access_log 例

# 未設定
localhost - - [24/May/2016:05:59:00 +0900] "GET /server-status?auto HTTP/1.1" 401 401 "-" "Go-http-client/1.1" 505 761
# ユーザ・パスワード設定
localhost - authuser [24/May/2016:05:59:15 +0900] "GET /server-status?auto HTTP/1.1" 200 1181 "-" "Go-http-client/1.1" 1056 893

元記事はこちら

「mackerel-plugin-apache2 BASIC認証」