AWS Certificate Managerで証明書を発行する際のドメイン認証については、現在、メール承認のみとなっています。
例えばexample.comのサブドメインでSSL証明書を発行した場合で、ドメイン管理者が管理者のメールアドレスを公開していないと、デフォルトで以下のようにサブドメインがメールドメインの宛先に承認確認メールが送信されてしまいます。この場合メールを受信できないことが多いため、これをメインドメインへ承認メールを送信する方法を紹介します。

◆サブドメイン
 stg.example.com

◆メール送信先:
 admin@stg.example.com
 postmaster@stg.example.com
 administrator@stg.example.com
 webmaster@stg.example.com
 proxy@whoisprotectservice.com
 hostmaster@stg.example.com

現在、AWSコンソールからは制御ができませんので、aws cliを使用してACMを発行します。

発行対象ドメイン:stg.example.com
メール送信先対象ドメイン:example.com

とした場合、以下のようなコマンドで発行が可能です。

aws acm request-certificate \
 --domain-name stg.example.com \
 --domain-validation-options DomainName=stg.example.com,ValidationDomain=example.com

エラーがでなければ、AWSコンソールから発行したACMについて、承認メール送信先が意図したものとなっているか確認してください

よくある質問 – AWS Certificate Manager(簡単に SSL/TLS 証明書を作成、管理、配置) | AWS
request-certificate — AWS CLI 1.10.67 Command Reference

元記事はこちら

AWS Certificate Managerでサブドメインを発行する時に承認メール送信先を変更する【cloudpack 大阪 BLOG】